El Humboldt Explorer tiene capacidad para 16 pasajeros en 8 habitaciones con aire acondicionado, todas ellas con baño y ducha privados. La mayoría de los camarotes pueden disponer de dos camas individuales o una cama grande, según las necesidades de los huéspedes. Los camarotes están situados en las cubiertas principal e inferior.
El salón con aire acondicionado de la cubierta principal incluye mesas de comedor, bar, TV, CD/DVD, videoteca y sala de estar. En el nivel superior hay una cubierta parcialmente cubierta con jacuzzi y amplias zonas para sentarse.
La cubierta de inmersión está equipada con compartimentos individuales para el equipo, una gran mesa para la cámara, estación de recarga, estaciones de llenado de aire y nitrox, soportes para botellas y un tanque de agua dulce separado para el equipo de la cámara subacuática. Las inmersiones se realizan desde dos grandes pangas (embarcaciones auxiliares), a las que se puede acceder fácilmente desde la cubierta de inmersión.